Bakit ang America ay 'lumilipad na bulag' sa mga coronavirus mutations na karera sa buong mundo

Napakaliit ng ginagawa ng United States sa genetic sequencing na kailangan para makita ang mga bagong variant ng coronavirus - tulad ng mga unang natukoy sa Great Britain at South Africa - na ang mga naturang mutasyon ay malamang na mabilis na dumarami, hindi natukoy, sinabi ng mga eksperto.



Tagasubaybay at mapa ng mga kaso ng coronavirus sa U.SArrowRight

Ang kakulangan ng malawakang genetic sequencing ay nangangahulugan na ang window ay nagsasara upang mahanap at mapabagal ang pagkalat ng mga variant tulad ng unang nakita sa Britain, na mukhang mas madaling maililipat, at ang mga unang nakita sa Brazil at South Africa. Lahat meron ay natuklasan sa maliit na bilang sa Estados Unidos.

Ngayon ay kapag ang genetic sequencing — isang proseso na nagmamapa ng genetic code ng partikular na virus na nag-impeksyon sa isang tao upang maihambing ito sa iba — ay magiging pinakamabuti, habang ang mga ganitong variant ay hindi gaanong laganap sa populasyon ng US at maaaring gumawa ng aksyon laban sa kanila.



Ang Kwento ng Advertisement ay nagpapatuloy sa ibaba ng advertisement

Kami ay nasa isang karera laban sa oras dahil sa mga mutasyon na ito. At sa karerang iyon, nahuhulog tayo, sabi ni Mara G. Aspinall, isang propesor ng biomedical diagnostics sa Arizona State University.

Ang mga bagong variant ng coronavirus ay nagpapabilis ng karera upang matiyak na ang mga bakuna ay nagpapatuloy

Ang problema ay umaalingawngaw sa mga sakuna ng bansa sa unang bahagi ng pandemya, nang ang kakulangan ng pagsubok ay nagpapahintulot sa virus na kumalat nang malawak. Sa kasalukuyan, isang maliit na bahagi lamang ng lahat ng mga positibong pagsusuri sa coronavirus sa Estados Unidos ang ipinapasa para sa karagdagang pagkakasunud-sunod.

kung napalampas mo ang iyong pangalawang covid shot

Mahalaga ang genetic sequencing dahil ang coronavirus, tulad ng lahat ng mga virus, ay nagmu-mute habang gumagalaw ito sa mga tao. Maraming pagbabago ang hindi mahalaga at hindi binabago ang pagkalat o kalubhaan ng sakit. Ngunit kung hindi alam ng mga siyentipiko kung anong mga strain ang gumagalaw sa populasyon, ang mga mutasyon na mahalaga ay maaaring lumitaw nang hindi natukoy.

Ang kwento ay nagpapatuloy sa ibaba ng patalastas

Sa loob ng maraming buwan, ang mga siyentipiko ay nagpapatunog ng mga alarma at sinusubukang pataasin ang genetic sequencing ng mga sample ng pagsubok, ngunit ang pagsisikap ay sinalanta ng kakulangan ng pondo, political will at federal na koordinasyon, sinabi ng mga eksperto sa kalusugan at mga opisyal ng estado.



Advertisement

Higit pang kagamitan, staffing at pagpopondo ang kailangan upang mapataas ang pagkakasunud-sunod, sabi ng mga eksperto, at ang pederal na pamahalaan ay hindi pa nakakagawa ng mga imprastraktura at mga pamamaraan na kailangan upang matanggap, maproseso at ibahagi ang data na iyon sa isang pambansang sukat. Sinabi ni Centers for Disease Control and Prevention Director Rochelle Walensky noong Biyernes na pinapataas ng gobyerno ang antas ng sequencing sa buong bansa.

Kapansin-pansing pinalaki namin ang pagsubaybay sa loob lamang ng huling 10 araw, sa katunayan. Ngunit ang aming mga plano para sa pagpapalaki ng pagsubaybay ay higit pa sa kung ano ang nagawa namin sa ngayon, sabi ni Walensky.

Ang kwento ay nagpapatuloy sa ibaba ng patalastas

Sa huli, ang bansa ay nangangailangan ng real-time na data — katulad ng mga dashboard na ginagamit ngayon upang subaybayan ang mga pang-araw-araw na kaso, ospital at pagkamatay — upang subaybayan ang mga variant at ang kanilang pagkalat sa buong bansa. Bagama't ang pag-iisa ay hindi mapipigilan ang pagkalat ng mas mapanganib na mga variant, binibigyan nito ang bansa ng babala at pagkakataong kumilos habang nagiging laganap ang mga ito.

Advertisement

Wala sa mga iyon ang umiiral ngayon. Kami ay hindi kapani-paniwalang nasa likod kumpara sa ibang mga bansa, sabi ni Janet Hamilton, executive director ng Council of State and Territorial Epidemiologists. Wala tayong ideya kung ano ang meron sa ating bansa. Ni hindi natin alam ang hindi natin alam.

Abangan ang pinakamahalagang pag-unlad sa pandemya gamit ang aming coronavirus newsletter. Ang lahat ng mga kuwento dito ay libre upang ma-access.

Ika-38 sa mundo

Ang pagsisikap ng U.S. ay napaka-underdevelop na imposibleng sabihin nang eksakto kung gaano karaming mga kaso ng virus ang sinusunod araw-araw.

Ang kwento ay nagpapatuloy sa ibaba ng patalastas

Noong Enero 5, sinabi iyon ng isang opisyal ng CDC sa Klinika ang Estados Unidos ay may average na humigit-kumulang 3,000 sequenced coronavirus genome sa isang linggo. Sa linggong ito, sinabi ng mga opisyal ng CDC na ang bansa ay nasa average na halos 7,000 sa isang linggo.

Nagbabala ang CDC na ang variant na natagpuan sa United Kingdom - na sinabi ng mga British scientist na maaaring hanggang 70 porsiyentong mas madaling maililipat - ay maaaring maging nangingibabaw sa Estados Unidos sa Marso. Sinabi ni Walensky na masasabi lamang ng CDC kung tumpak ang projection na iyon sa pamamagitan ng pag-abot sa mas mataas na rate ng sequencing.

Advertisement

Ang ahensya ay nakipagkontrata sa mga unibersidad upang palakihin ang kanilang pagkakasunud-sunod sa libu-libo bawat linggo, sinabi ni Walensky. Nakipagkontrata rin ito kamakailan sa apat na pribadong kumpanya — Quest, Labcorp, Illumina at Helix — upang magsagawa ng higit pang pagkakasunud-sunod. Sa kalagitnaan ng Pebrero, ang mga kontratang iyon ay dapat maabot ang buong kapasidad, na sinusuri ang 6,000 mga sample bawat linggo, sinabi ng mga opisyal ng CDC.

Ang kwento ay nagpapatuloy sa ibaba ng patalastas

Ngunit ang mga numerong iyon ay nananatiling bahagi ng sinabi ng mga eksperto na kailangan para tumpak na masubaybayan ang mga variant na kumakalat sa Amerika.

Ang lungsod ng Amazon na napisa sa variant ng Brazil ay dinurog nito

Lumiwanag mga pagtatantya na kailangang pagsunud-sunodin ng bansa ang 5 porsiyento ng mga kaso ng coronavirus nito upang makakita ng bagong variant kapag ang variant ay kumakatawan sa humigit-kumulang 0.1 porsiyento hanggang 1.0 porsiyento ng mga kaso ng bansa. Ang mga pagkilos upang mapabagal ang naturang pagkalat ay pinakamabisa sa mga unang yugto ng sirkulasyon na ito.

Gayunpaman, ang Estados Unidos sa ngayon ay nakasunod lamang sa halos 0.32 porsiyento ng kabuuang mga kaso nito, ayon sa pagsusuri ng Washington Post. Noong huling bahagi ng Enero, ang bansa ay nasa ika-38 na ranggo sa 130 bansang nag-uulat ng whole-genome sequencing data.

Advertisement

Nilikha ng Post ang pagsusuring iyon sa pamamagitan ng pagsasama-sama ng data mula sa GISAID Initiative, isang independiyenteng platform kung saan ibinabahagi ng mga mananaliksik ang mga viral genome sequence, at ang sequencing consortium ng U.K., pati na rin ang mga bilang ng kaso mula sa Johns Hopkins University at database ng The Post.

Ang kwento ay nagpapatuloy sa ibaba ng patalastas

Ang Estados Unidos ay nag-sequence 84,177 mga sample mula sa 25.7 milyong mga kaso noong Biyernes, ayon sa pagsusuri sa Washington Post. Sa paghahambing, ang United Kingdom, sa ika-siyam na lugar, ay nagsunud-sunod ng 214,000 genome - halos 6 na porsyento - ng 3.7 milyong kaso ng bansa.

Hindi tulad ng Estados Unidos, ang U.K. ay namuhunan sa genetic sequencing noong unang bahagi ng pandemya, inilunsad ang genomics consortium nito noong Marso na may milyon na pamumuhunan at isang multimillion-dollar boost huli noong nakaraang taon.

Ang ibang mga bansa ay may kapansin-pansing mas mataas na proporsyon ng mga kaso na pinagsunod-sunod kumpara sa Estados Unidos dahil mayroon silang mas kaunting mga kaso: Ang bansang may pinakamataas na rate ng pagkakasunud-sunod sa bawat kaso, ang Iceland, ay nagsuri ng 4,000 genome mula sa 6,000 katao na nagpositibo.

‘Patchy’ U.S. programa

Bago pa man ang paglitaw ng mga mutasyon gaya ng mga variant na unang natuklasan sa South Africa at United Kingdom , ilang buwan nang nagbabala ang mga eksperto sa U.S. tungkol sa pangangailangan para sa pambansang pamantayan para sa genetic surveillance.

Ang variant ng Coronavirus ay umaalis sa South Africa, na nagpapakita ng 'nakakatakot' na pangingibabaw

Noong Mayo, naglunsad ang CDC ng isang surveillance program para sa coronavirus na tinatawag SPHERES (SARS-CoV-2 Sequencing para sa Public Health Emergency Response, Epidemiology, at Surveillance). Ngunit, sa pagsasagawa, ang programa ay umasa sa isang payak na tagpi-tagpi ng mga akademikong lab na nag-aambag ng genetic sequencing sa isang boluntaryong batayan.

Ang Kwento ng Advertisement ay nagpapatuloy sa ibaba ng advertisement

Isang Hulyo ulat ng National Academies of Science ay nagsabi na ang mahinang pagpopondo, koordinasyon, at kapasidad ay humantong sa isang tagpi-tagpi, kadalasang pasibo, at reaktibong pagsisikap sa pagkakasunud-sunod ng U.S.

Walang pondo para gawin ito, sabi ni Hamilton.

Kasama sa stimulus bill noong nakaraang buwan ang pagpopondo na maaaring makatulong sa pagpapataas ng genetic sequencing, sinabi ng mga opisyal ng kalusugan. Sinabi ng mga opisyal ng administrasyong Biden na ang .9 trilyon na iminungkahing plano sa paggastos ng pangulo ay kasama rin ang kinakailangang pondo para sa genetic sequencing.

Noong Miyerkules, tinawag ni Jeff Zients, coordinator ng tugon ng White House coronavirus, ang kasalukuyang estado ng pagkakasunud-sunod ng U.S. na ganap na hindi katanggap-tanggap. Sa iminungkahing plano sa paggastos ni Biden, aniya, nireresolba namin ang sitwasyong iyon.

Ang kwento ay nagpapatuloy sa ibaba ng patalastas

Ngunit kahit na walang karagdagang pagpopondo, maraming mga lab sa U.S. ay mayroon nang pangunahing makinarya at kadalubhasaan na kailangan upang gawin ang genetic sequencing, sabi ni Caitlin Rivers, isang epidemiologist sa Johns Hopkins Center for Health Security.

Advertisement

Sa ilang mga kaso, may mga umiiral na mapagkukunan na kailangan lang i-reorient, aniya. Ang pangangailangan para sa pederal na koordinasyon ay ang pinakamalaking hamon sa ngayon.

Maraming mga pampublikong laboratoryo sa kalusugan ang nagsimula kamakailan sa pagkakasunud-sunod o nakipagsosyo sa mga institusyong pang-akademiko upang gawin ito, sabi ni Scott Becker, punong ehekutibo ng Association of Public Health Laboratories.

Lahat ay nakikilahok, ngunit kailangan namin ng isang standardized na diskarte para sa kung paano ito gagawin, kung paano iulat ito. Hindi tayo maaaring magkaroon ng mga siyentipiko na darating dito mula sa lahat ng paraan, sabi ni Becker. Sa isang tawag sa mga opisyal ng CDC noong Huwebes, hinimok ng kanyang grupo at iba pa ang pederal na pamahalaan na i-streamline ang mga naturang proseso, aniya.

Maingat na pagsisikap

Ang gawain ng sequencing ay maaaring maging maingat.

Inilarawan ni New York Health Commissioner Howard Zucker ang proseso sa Wadsworth Center, isang klinikal na laboratoryo na pinapatakbo ng estado ng New York.

Advertisement

Ang sentro ay tumatanggap ng mga sample, na kinuha sa pamamagitan ng nasal swab, mula sa mga ospital sa buong estado. Ang bawat sample ay nangangailangan ng humigit-kumulang 48 oras upang maproseso. Inihalintulad ni Zucker ang proseso sa pagsusuri sa bawat titik ng bawat salita sa isang libro.

Kung makakita tayo ng ibang letra sa libro, ilalagay natin sa gilid ang librong iyon, sabi niya. Sa sandaling magsimulang dumami ang isang makasagisag na tumpok ng mga katulad na naka-set-aside na aklat, alam ng estado na natukoy nito ang isang kumpol ng mga kaugnay na sample ng coronavirus.

Paano nakatulong ang genetic science na ilantad ang isang lihim na pagsiklab ng coronavirus

kailan ang mga tao ay maputi

Ang pag-scale ng naturang mga pagsisikap sa buong bansa ay makakamit ang dalawang bagay: Ito ay lilikha ng isang pool ng mga random na sample, para masabi ng mga eksperto kung aling mga variant ang sumisikat — kasama kung saan at sa kung anong mga demograpikong grupo. Ngunit pare-parehong mahalaga, ito ay magbibigay-daan sa mga eksperto na umuwi sa mga hindi pangkaraniwang kaso upang maunawaan nila kung paano kumikilos ang iba't ibang mga variant - kung ang mga ito ay mas nakamamatay, mas madaling maililipat, o maaaring umiwas sa mga bagong binuo na gamot at bakuna.

Kailangan nating masabi kung kailan hindi na epektibo ang ating pinakamahusay na mga hakbang, para magkaroon tayo ng panahon para ayusin ang mga ito, sabi ni Rivers.

Sa mga nagdaang araw, sinabi ng mga siyentipiko sa Denmark - na may isa sa pinakamatatag na pagsusumikap sa pagsubaybay sa mundo - na ang variant ng British ay kumakalat sa kanilang bansa sa isang nakababahala na rate at hindi tumutugon sa mga itinatag na paraan ng pagpapabagal sa pandemya. Ang mga kaso na kinasasangkutan ng variant ay tumataas ng 70 porsyento bawat linggo sa Denmark, sa kabila ng mahigpit na pag-lock, ayon sa State Serum Institute ng Denmark, isang ahensya ng kalusugan ng gobyerno.

Nawawalan kami ng ilan sa mga tool na mayroon kami upang makontrol ang epidemya, sabi ni Tyra Grove Krause, siyentipikong direktor ng Danish na institute. Sinimulan kamakailan ng bansa ang pagkakasunud-sunod ng bawat bagong positibong pagsusuri sa coronavirus upang suriin ang mga mutasyon.

Ang Punong Ministro ng British na si Boris Johnson noong nakaraang linggo ay iminungkahi sa unang pagkakataon na ang variant ng U.K. ay maaaring mas nakamamatay kaysa sa orihinal na virus. Dahil mas madali itong kumalat, maaari din nitong mabilis na matabunan ang mga sistemang medikal, na ginagawang delikado ang mga dati nang makakaligtas na mga laban ng virus kung puno ang mga ospital at limitado ang pangangalagang medikal.

Ito ay tungkol na hindi namin alam ang lawak ng mga variant na kasalukuyang umiiral sa U.S., sabi ni Hamilton. Itinuro niya ang kamakailang pag-akyat ng mga kaso sa California, na binanggit na kung walang mas malawak na pagkakasunud-sunod ay mahirap malaman kung gaano karami ang pag-alon na iyon ay hinimok ng pag-uugali ng mga tao at kung magkano ang mga katangian ng ilang posibleng hindi kilalang variant.

Mga variant ng homegrown

Ang limitadong pagsusumikap sa sequencing sa United States ay nakakita na ng mga variant na lumalaki sa aming likod-bahay.

Nagtatrabaho sa mga kasamahan sa Southern Illinois University, RNA biochemist Keith Gagnon kamakailan ay pinagsunod-sunod ang pinaniniwalaan niyang isang bagong variant na naging laganap lalo na sa United States.

Pinangalanan ng mga mananaliksik ang variant na iyon na 20C-US (ang unang numero at titik ay tumutukoy sa sangay ng family tree kung saan lumitaw ang virus; ang US ay para sa bansang natuklasan).

Ang kanilang ulat na naglalarawan sa 20C-US na variant hindi pa na-peer-review. Ito ay tila pinatutunayan ng isang hiwalay na pag-aaral - hindi rin peer-review - na sumusuporta sa mga natuklasan nito. Ang isa pang grupo ng mga siyentipiko sa Ohio State University ay nakapag-iisa na nakahanap ng isang sangay ng variant na iyon, na nagkaroon ng mga bagong mutasyon .

Makatuwiran na ang U.S. ay dapat magkaroon ng kanilang sariling variant, sabi ni Gagnon. Pero syempre, walang nakakaalam.

Iminumungkahi ng pagsusuri ng kanyang koponan na lumitaw ang variant sa katimugang rehiyon ng Estados Unidos sa huling bahagi ng tagsibol o unang bahagi ng tag-init ng 2020. Walang nakitang palatandaan ang mga mananaliksik na ito ay mas nakakapinsala o nakamamatay. Itinaas ni Gagnon ang posibilidad na ang 20C-US ay mas naililipat at hindi nagkataon na kumalat. Ngunit idiniin niya na ito ay isang hypothesis, na plano niyang subukan sa mga eksperimento sa lab.

Samantala, ang bansa ay nangangailangan ng higit pang sequencing upang masubaybayan ang mga naturang homegrown variants, aniya.

Ang genomic surveillance ay marahil ang numero-isang bagay, bukod sa covid-19 testing mismo, na maaari nating gawin upang masubaybayan ang virus, sabi ni Gagnon. Kung wala ito, lumilipad tayong bulag.

Nag-ambag sina Harry Stevens at Joel Achenbach sa ulat na ito.